1.    Bagno Minta – 491,09 ha 
Największy, a jednocześnie najmłodszy rezerwat, utworzony 2024 roku. Chroni on ekosystemy torfowiskowe, leśne i wodne wraz z roślinnością torfowiskową i stanowiskami cennych gatunków zwierząt i roślin, a w szczególności licznej populacji haczykowca błyszczącego (Hamatocaulis vernicosus).

2.    Rysie Bagno – 204,85 ha
Również powołany w roku 2024. Celem ochrony tego rezerwatu są ekosystemy torfowiskowe, leśne oraz łąki, a także związane z nimi naturalne zbiorowiska roślinne, w tym torfowiska przejściowe i borealne świerczyny na torfie oraz stanowiska cennych gatunków zwierząt i roślin. To ostoja krytycznie zagrożonego fiołka błotnego (Viola epipsila) oraz gatunków z rodziny storczykowatych Orchidaceae. Wokół rezerwatu wyznaczono otulinę o powierzchni 73,35 ha.

3.    Borki – 228,16 ha (fragment znajdujący się w zarządzie Nadleśnictwa Czerwony Dwór)
Rezerwat leśny, który został powiększony w 2025 roku. Chroni naturalne zbiorowiska leśne typowe dla Puszczy Boreckiej: grądy, łęgi, olsy, lasy i bory bagienne, wraz z roślinami, zwierzętami i grzybami stanowiącymi komponenty reliktowej, puszczańskiej biocenozy. Wokół powiększonego rezerwatu Borki także została wyznaczona otulina, czyli obszar ochronny wokół rezerwatu. 

4.    Mazury – 297,45 ha
Rezerwat utworzony w 1981 roku w celu ochrony unikatowego zespołu wodno-leśnego Puszczy Boreckiej. Leży pomiędzy jeziorami Szwałk Wielki, Pilwąg i Łaźno. Obejmuje swoim zasięgiem jezioro Pilwąg. Na terenie rezerwatu spotkać można przykłady sukcesji od roślinności wodnej, poprzez szuwarową, zbiorowiska turzycowe, łozowiska po olsy i grądy. Ze względu na obecność wysp rezerwat stanowi ważne siedlisko ptaków wodnych. 

5.    Lipowy Jar – 48,50 ha
Niewielki, ale wyjątkowo malowniczy rezerwat florystyczny. Utworzony w celu zachowania dorodnego, wielogatunkowego lasu liściastego. Obejmuje strome wzgórza, unoszących się nad głęboką doliną. Dnem doliny płynie strumień zasilany wieloma źródliskami, na którym spoczywają głazy narzutowe o średnicy dochodzącej do 1 m, często porośnięte przez mchy i wątrobowce. Nad ciekiem wodnym, wąskim pasmem rośnie łęg gwiazdnicowo - olszowy. Runo jest bardzo bogate, często w typie ziołorośla. Na obszarze rezerwatu w wielu miejscach można obserwować jaćwieskie kręgi kamienne.

6.    Wyspa Lipowa na jeziorze Szwałk Wielki – 2,73 ha
Rezerwat został utworzony w 1975 roku. Leży we wschodniej części Puszczy Boreckiej.  Dostępny jest wyłącznie dla naukowców. Utworzono go w celu ochrony naturalnego lasu liściastego o składzie typowym dla Puszczy. Ze względu na to, że w okresie poprzedzającym utworzenie rezerwatu gospodarka leśna na wyspie praktycznie nie była prowadzona, drzewostan ma charakter naturalny, bez śladów zniekształceń. W jego runie skupiskowo występują rzadkie gatunki roślin – miesięcznica trwała (Lunaria rediviva ), złoć mała (Gagea minima), kokorycz pusta (Corydalis cava). Rezerwat stanowi doskonałe miejsce lęgowe dla ptactwa wodnego.

Lipowy Jar to niewielki rezerwat florystyczny o powierzchni 48,5 ha. Został utworzony w celu zachowania dorodnego, wielogatunkowego lasu liściastego, porastającego wzgórza o stromych zboczach, unoszących się nad głęboką doliną. Dnem doliny płynie strumień zasilany wieloma źródliskami. Na strumieniu spoczywają głazy narzutowe o średnicy dochodzącej do 1 m, często porośnięte przez mchy i wątrobowce. W obrębie rezerwatu na niewielkim obszarze występują różne typy zbiorowisk roślinnych. Nad ciekiem wodnym wąskim pasmem rośnie łęg gwiazdnicowo - olszowy. W drzewostanie panują grab, lipa drobnolistna, dąb szypułkowy z domieszką klonu zwyczajnego, wiązu górskiego oraz w niewielkich ilościach brzoza brodawkowata i świerk pospolity. Runo jest bardzo bogate, często w typie ziołorośla. Na obszarze rezerwatu w wielu miejscach można obserwować jaćwieskie kręgi kamienne.

Rezerwat leśny Wyspa Lipowa na Jeziorze Szwałk Wielki został utworzony w 1975 roku. Obszar rezerwatu wynosi niespełna 3 ha. Położony we wschodniej części Puszczy Boreckiej, jest perłą przyrodniczą dostępną tylko dla naukowców. Utworzono go w celu ochrony naturalnego lasu liściastego o składzie typowym dla Puszczy. Ze względu na to, że w okresie poprzedzającym utworzenie rezerwatu gospodarka leśna na wyspie praktycznie nie była prowadzona, drzewostan ma charakter naturalny, bez śladów zniekształceń. W jego runie skupiskowo występują rzadkie gatunki roślin – miesięcznica trwała, złoć mała, kokorycz pusta. Rezerwat, izolowany od lądu, stanowi doskonałe miejsce lęgowe dla ptactwa wodnego szczególnie kaczek.

Rezerwat częściowy „Mazury" o powierzchni 392,24 ha, utworzony został w roku 1981 w celu zachowania zespołu wodno-leśnego Puszczy Boreckiej. Obejmuje on lasy na wydłużonym wyniesieniu pomiędzy jeziorami Szwałk Wielki, Pilwąg i Łaźno, trzy zalesione wysepki na jeziorze Pilwąg wraz z jego wschodnią częścią.
Na terenie rezerwatu spotkać można przykłady sukcesji od roślinności wodnej poprzez szuwarową, zbiorowiska turzycowe, łozowiska do olsów i różnych postaci grądów. Podobne układy nie występują już w pozostałych rezerwatach na terenie Puszczy Boreckiej.
Ze względu na obecność wysepek oraz dobrze rozwiniętą część szuwarową, rezerwat odgrywa bardzo ważną rolę w ochronie ptaków.